国师塔是为了纪念顺治皇帝的老师玉琳国师所建。玉琳国师俗名杨通琇,江苏江阴人。清顺治十五年(1658年),世祖福临召当时的武康名僧玉琳进京,对之“慰劳优渥”,送居万善殿,不时屈驾前往“临访道要”。因玉琳和尚出语敏捷,善于应对,很得顺治帝的欢心,特赐号“大觉禅师”,以后又晋封“大觉普济能仁国师”,玉琳曾受命在京城阜成门慈云寺为一千五百个和尚讲经说法,并曾领大弟子给皇帝“作佛事七昼夜”,真是极备荣宠。但这位高僧不乏自知之明,正当声誉日隆时,便急流勇退,辞归山林,这一来更得朝野的尊崇。
有的说他“于荣利无毫发矜重”,有的说他“如野鹤孤云,无所留碍”??滴跏哪辏?675年),玉琳国师六十二岁时南游,止于(淮阴)慈云庵,跌坐而逝。雍正十三年(1735年)皇帝拨专款在原先慈云庵的基础上扩建“慈云禅寺”,乾隆四年(1739年)建成。寺后还建有“能仁国师塔”
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咸丰十年(1860年)慈云寺毁于兵火。同治元年(1862年),住持僧静修又募资重建,自殿宇神堂及门庭设施,全部恢复旧观。
民国七(1918年),军阀盘踞淮阴,部队强占寺院,致使慈云寺第二次遭受火灾,烧毁大雄宝殿。
现在慈云寺古刹只剩下金刚殿、藏经殿、后殿及部分偏殿、耳房,是一处有待修复的古迹。